CSSメディアクエリーのwidthと、
@media (min-width:768px) { ... }
jQueryの$(window).width()
if ( $(window).width() >= 768 ){ ... }
は異なります。
同じ値にならないので、横幅が○px以上のときに、jQueryでこの処理をして、、などとすると、横幅切り替えの前後でおかしなことになってしまいます。
メディアクエリーに合わせるためには、window.matchMediaを使います。メディアクエリのための機能なので、同じ値を取得できます。
if ( window.matchMedia('(min-width: 768px)').matches ) { ... }
IE9以下では使えません。IE9に対応するにはmatchmedia.jsを使います。